Les mots d'eau et d'Esprit, substitués à ἄνωθεν (dès l'origine), indiquent à Nicodème les facteurs nouveaux et par conséquent la nature toute différente de cette seconde naissance. Le premier terme : d'eau, convient mieux à l'idée d'une naissance nouvelle qu'à celle d'une, naissance céleste. - Le spiritualisme, embarrassé par le caractère matériel de ce premier moyen, a souvent cherché à le confondre avec le second. Ainsi Calvin paraphrase l'expression d'eau et d'Esprit par le terme d'aquæ spiritales ; il s'appuie sur l'expression baptême d'Esprit et de feu (Luc 3.16). Mais le sens spirituel du mot feu ne pouvait faire doute dans cette locution. Il en était autrement du mot eau, dans la parole qui nous occupe, surtout au moment où Jésus parlait de la sorte. Le baptême de Jean produisait alors une sensation immense en Israël, de sorte que la pensée de Nicodème, à l'ouïe du mot naissance d'eau, devait se porter immédiatement sur cette cérémonie ; comme elle se célébrait sous la forme d'une immersion totale ou partielle, elle figurait assez naturellement une naissance. Jésus, d'ailleurs, au moment où il s'exprimait ainsi, sortait en quelque sorte de l'eau du baptême : c'était en accomplissant ce rite qu'il avait lui-même reçu le Saint-Esprit. Comment, en de telles circonstances, cette expression : naître d'eau, eût-elle pu désigner dans sa bouche autre chose que le baptême ? Ainsi s'explique aussi la forme négative et presque menaçante : Si quelqu'un ne… Nicodème était pharisien, et l'on sait que les pharisiens avaient refusé de se soumettre au baptême de Jean (Luc 7.30) ; cette parole renfermait donc un avertissement très actuel adressé à Nicodème. Weiss, s'appuyant sur le manque d'article devant le mot eau, rejette cette allusion spéciale au rite du baptême. Il ne voit dans l'eau qu'une image de la purification du péché opérée par la nouvelle naissance spirituelle. Mais le manque d'article fait simplement ressortir la qualité du moyen et n'empêche point de penser à l'usage pratique spécial qui en était fait par Jean à ce moment-là. Nicodème devait apprendre qu'accepter l'œuvre du précurseur était la première condition pour entrer dans la vie nouvelle. Ce premier terme renfermait donc une invitation positive à rompre avec la ligne de conduite adoptée par le parti pharisien envers Jean-Baptiste - Mais quelle est la relation entre le baptême et la nouvelle naissance (v. 3) ? Lücke fait ressortir dans le baptême l'élément subjectif de la repentance (μετάνοια). Il pense que Jésus voulait dire : d'abord, de la part de l'homme, la repentance (dont le baptême est l'emblème) : après cela, de la part de Dieu, l'Esprit. Mais les deux régimes sont parallèles, dépendant d'une seule et même préposition : l'un ne peut représenter quelque chose de purement subjectif et l'autre quelque chose de purement objectif. L'eau renferme aussi quelque chose d'objectif, de divin ; cet élément divin du baptême, c'est Strauss qui se trouve l'exprimer le mieux. « Si, de la part de l'homme, dit-il, le baptême est la déclaration de la renonciation au péché, il est de la part de Dieu la déclaration du pardon des péchés. » Le baptême d'eau, en tant qu'offert et administré de la part de Dieu et en son nom, renferme la promesse du pardon, dont il est le gage visible, en faveur du pécheur qui l'accepte. Pierre dit dans ce sens le jour de la Pentecôte, Actes 2.38 : « Que chacun de vous soit baptisé au nom de Jésus-Christ pour le pardon des péchés, et [en conséquence de ce pardon] vous recevrez le don du Saint-Esprit. » Et il faut bien remarquer qu'il dit : « le pardon des péchés, » et non de ses péchés. Car c'est l'idée du baptême en soi, et non celle de son efficacité individuelle, que Pierre veut signaler. Le baptême est en effet le couronnement des lustrations symboliques de l'ancienne alliance ; comparez Psaume 51.4,9 : « Lave-moi de mon iniquité… Purifie-moi de mon péché avec l'hysope ; lave-moi et je serai plus blanc que la neige. » Ezéchiel 36.25 : « Je répandrai des eaux pures, et vous serez nettoyés. » Zacharie 13.1 : « En ce temps il y aura une source ouverte à la maison de David et aux habitants de Jérusalem, pour le péché et pour la souillure. » C'est que l'eau est dans tous ces passages l'emblème du sang expiatoire, seul moyen réel de pardon. Comparez 1 Jean 5.6, où sont mis en rapport l'eau, le sang et l'Esprit ; l'eau, d'une part, comme symbole du sang qui réconcilie, et de l'autre, comme gage de l'Esprit qui régénère. Accepter le baptême d'eau administré par Jean, c'était donc, tout en témoignant de sa repentance, se mettre au bénéfice de la promesse du pardon messianique. La condamnation ainsi enlevée, le baptisé se trouvait replacé devant Dieu dans la position normale, celle d'un homme qui n'aurait pas péché : et par conséquent il était apte à recevoir du Messie lui-même le don de l'Esprit. - L'Esprit : c'est ici le principe actif, efficient de la nouvelle naissance, du renouvellement de la volonté et des dispositions du cœur, et par là même l'auteur de toute l'œuvre de la sanctification. Jésus résume donc dans ces deux mots : d'eau et d'Esprit, les principes essentiels du salut chrétien, la justification et la sanctification, ces deux conditions d'entrée dans le royaume divin.
Dans les versets suivants, il n'est plus fait mention de l'eau, précisément parce qu'elle n'a, dans la nouvelle naissance, qu'une valeur négative : elle ôte l'obstacle, la condamnation. La vertu créatrice procède de l'Esprit. - L'absence d'article avec le mot Esprit s'explique de la même manière qu'avec le mot eau. Il s'agit de la nature ou de la (qualité des facteurs concourant à cette naissance surnaturelle. L'expression εἰσελθεῖν, entrer, est substituée ici au terme ἰδεῖν, voir, du v. 3. L'image d'entrer dans est en rapport plus direct avec celle de naître de. C'est en sortant (ἐκ) des deux éléments indiqués, où elle s'est plongée, que l'âme entre dans (εἰς) le royaume. - La leçon du Sinaït : « le royaume des cieux, » se lisait également d'après Hippolyte chez les docètes du IIe s. ; elle se trouve dans un fragment d'Irénée récemment découvert, dans les Constitutions apostoliques et dans Origène (traduct.). Sans doute ces autorités ne sont pas suffisantes pour nous permettre de la substituer à la leçon reçue, comme le fait Tischendorf. Mais cette variante doit être extrêmement antique. Elle fait en tout cas tomber l'objection élevée contre la réalité de la citation de notre passage chez Justin, Apol. I, 61 (voir ⇒)
En parlant ainsi à Nicodème, Jésus ne pensait point à faire dépendre, soit en général, soit dans chaque cas particulier le salut de l'acte matériel du baptême. L'exemple du brigand sur la croix prouve que Dieu peut accorder le pardon sans le baptême d'eau. Mais quand l'offre de ce signe a eu lieu et que le pécheur l'a repoussée, la position est autre ; or c'était là celle de Nicodème. - Par les deux sentences suivantes Jésus démontre la nécessité (v. 6a) et la possibilité (v. 6b) de la nouvelle naissance, en laissant l'eau de côté pour ne plus s'en tenir qu'à l'Esprit.