Ici encore : pour le nom du Seigneur Jésus en l'embrassant par la foi. (verset 3 note.) Ils reçoivent, par les mains de Paul ou de quelque autre disciple, le baptême chrétien.
L'apôtre faisait donc une différence essentielle entre ce baptême et celui de Jean.
Tous les disciples de Jean ne furent cependant pas rebaptisés en devenant disciples de Jésus ; il ne nous est pas dit qu'Apollon fut baptisé par Aquilas et Priscille ; (Actes 18.26) il n'est pas question du baptême des apôtres après la Pentecôte. On administrait un second baptême suivant les personnes et les circonstances. L'essentiel était que tous reçussent le baptême du Saint-Esprit.
Au seizième siècle, les anabaptistes se prévalaient à tort de ce passage pour prouver leur doctrine, puisque le baptême d'un enfant par des chrétiens n'est pas assimilable au baptême de Jean. Les réformateurs, poussés par les besoins de leur polémique, ont essayé d'interpréter notre récit de manière à en exclure le second baptême administré aux disciples de Jean. Th. de Bèze et d'autres prétendaient que notre verset verset 5 fait encore partie du discours de Paul : et ceux qui l'entendirent (Jean-Baptiste) furent baptisés au nom du Seigneur Jésus. Mais Jean ne baptisait pas au nom de Jésus !
Calvin, de son côté, pensait qu'il s'agit à verset 5, non d'un baptême d'eau, mais du baptême du Saint-Esprit. Cette supposition est contraire au sens évident du texte.